Η ΜΥΦΕΟ ως μονάδα Υποστήριξης των Φοιτητών Ευπαθών/Ευαίσθητων Κοινωνικά Ομάδων (ΦΕΚΟ) του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας εντάσσεται οργανικά στις υπηρεσίες που προσφέρει η αντιπρυτανεία Διοικητικών Υποθέσεων και συγκεκριμένα το Τμήμα Φοιτητικής Μέριμνας του ΠΔΜ. Ως εκ τούτου ελέγχεται από τον/την αντιπρύτανη/ισσα Διοικητικών Υποθέσεων και Φοιτητικής Μέριμνας.
